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宏基因組測序分析

宏基因組測序分析 




宏基因組測序研究

宏基因組學(Metagenomics)研究通過全基因組鳥槍法(Whole Genome Shotgun,WGS)測序策略,將提取獲得的微生物組總DNA隨機打斷為短片段,并構建合適長度的插入片段文庫,對這些文庫進行雙端(Paired-end,PE)高通量測序,從而能全面精細地展示整個菌群的功能代謝譜和物種精細組成譜,進而在組成和功能水平分別挖掘關鍵生物標記物,從原理上闡明微生物群落在生態系統中發揮作用的根本機制。

產品特點

1. 直接對菌群樣本中的基因片段進行測序,真實再現菌群復雜而精密的生態功能;

2. 使用Illumina HiSeq系列超高通量測序平臺,周期更短,每個樣本都能一次性獲得至少10 Gb的測序數據量,真正實現對物種和功能的精確定量;

3. 多種功能注釋數據庫可選,根據研究需求選擇KEGG/EggNOG/CAZy/NR/Swiss-Prot/GO/VFDB/CARD等數據庫,最優化宏基因組功能代謝譜注釋;

4. 通過微生物基因信息精確識別物種來源,獲取種以及種以下水平的“高分辨率”物種精細組成譜;

5. 通過多種多變量統計分析和機器學習方法,系統、深入地挖掘宏基因組大數據中差異相關的關鍵物種和關鍵功能,精確識別關鍵生物標記物。

實驗流程

微生物組總DNA提取→DNA片段化→連接接頭序列→純化、富集DNA片段→測序文庫定量→上機進行高通量測序

分析流程

典型分析結果展示

KEGG代謝通路差異分析圖

LEfSe組間差異的KEGG功能分類等級樹圖

EggNOG功能類群組間差異分析圖

種水平精細分類組成的Krona交互展示圖

CAP主坐標典型相關分析圖

功能——物種一致性Procrustes分析圖

值得一試的深度分析內容

分析項目

分析要求

分泌蛋白預測分析

 

III型分泌系統效應蛋白預測分析

 

HUMAnN2宏基因組分析流程

 

MOCAT2宏基因組分析流程

 

基于Canopy算法的宏基因組優勢菌株組裝

樣本≥ 20


研究內容

1. 原始數據處理
2. 序列拼接
3. 基因預測
4. 基因功能注釋(NR,Interpro)
5. 基于基因的物種分類統計
6. 基于16S rDNA的物種分類統計
7. COG功能分類和KEGG代謝途徑分析
8. 優勢物種的基因組獨立分析

Illumina平臺

送樣要求 1

1. 樣品類型: DNA
2. 樣品需求量(單次):≥5μg
3. 樣品濃度:≥20ng/μL
4. 樣品純度:OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解
5. 樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時請使用冰袋或干冰運輸。

Roche 454平臺

送樣要求 2

1. 樣品類型:DNA
2. 樣品需求量(單次):≥2μg
3. 樣品濃度:≥20ng/μL
4. 樣品純度:OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解
5. 樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時請使用冰袋或干冰運輸。

公司電話:010-65945597/65919547    傳 真:010-65919547   E-mail:[email protected]
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