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菌群多樣性組成譜分析

菌群多樣性組成譜分析 




高通量測序分析環境微生物(微生物菌群分析、微生物多樣性分析、微生物群落分析)


資費:請電話商談 聯系電話:01065945597/65919547
手機:13717768726

研究對象:

樣品來源:土壤、海洋、活性污泥、動物腸道、糞便、酒曲、窖泥、發酵液、菌劑、食品等;

樣品形式:環境樣品、基因組DNA、PCR產物;

菌群多樣性組成譜測序研究

菌群多樣性組成譜測序以細菌/古菌16S rRNA基因可變區、真菌18S rRNA基因可變區或真菌ITS(Internal transcribed spacer)內轉錄間隔區等微生物特征序列(Signature sequence)為靶點,通過檢測序列的變異和數量,反映菌群中各類微生物物種的身份和豐度,從而快速解碼菌群物種分布特征,闡明樣本間多樣性和組成差異,進而發現差異相關物種。

產品特點

1. 直接對菌群樣本中的微生物特征序列進行擴增檢測,簡單快速且性價比高,并克服了絕大部分微生物無法純培養的難題;

2. 自動化、專業的DNA提取流程,配合高保真DNA聚合酶進行PCR擴增,并嚴格把控擴增循環數,確保菌群組成客觀真實;

3. 使用Illumina MiSeq的小型化測序平臺,周期更短,讀長更長(2´300 bp),每個樣本都能一次性獲得數萬條序列,即使低豐度物種也能精確定量;

4. 多種物種注釋數據庫可選,根據樣本來源按需選擇Greengenes/Silva/HOMD/RDP/Unite/MaarjAM等數據庫,最優化物種的分類鑒定;

5. 可對菌群進行代謝功能預測,通過組成數據,解讀潛在功能,并能指導后續宏基因組測序研究。

實驗流程

微生物組總DNA提取→目標片段PCR擴增→擴增產物檢測定量→測序文庫制備→上機進行高通量測序

分析流程

典型分析結果展示

菌群物種分類組成的Krona交互展示圖

UniFrac PCoA分析的樣本三維排序圖

LEfSe組間差異物種的顯著性排序圖

LEfSe組間差異物種的分類等級樹圖

RDA約束排序圖

物種互作關聯網絡圖

基于16S rRNA基因的PICRUSt功能預測小提琴圖

值得一試的深度分析內容

分析項目

分析要求

CAP主坐標典型相關分析

分組≥ 2

菌群分型(Enterotype)分析

樣本≥ 20

ROC曲線建模驗證分析

分組≥ 2

OTU—樣本二分網絡分析

樣本≥ 3

物種——功能一致性Circos分析

樣本≥ 3


分析內容

分析項目

分析

備注

 

基礎分析項目

 

原始測序數據的質控

   

原始測序數據的處理

   

2

疑問序列的剔除

   

3

高質量序列長度分布統計

   

序列歸并和OTU劃分

 

1

OTU劃分

   

2

OTU分類地位鑒定

   

3

OTU精簡和分類鑒定結果統計

   

4

多樣本共有OTUVenn圖分析

樣本(組)≤ 5

 

 

常規分析項目

 

Alpha多樣性分析

 

1

Rarefaction稀疏曲線

   

2

Specaccum物種累積曲線

樣本≥ 10

 

3

豐度等級曲線

   

4

Alpha多樣性指數計算

   

分類組成分析

 

1

各分類水平的微生物類群數統計

   

2

各分類水平的分類學組成分析

   

3

Metastats分析

樣本(組)≥ 2

 

4

LEfSe分析

分組≥ 2

 

群落組成交互式可視化

 

1

系統發育樹構建

   

2

MEGAN可視化展示

   

3

GraPhlAn可視化展示

   

4

Krona交互式展示

   

5

熱圖分析

樣本≥ 3

 

Beta多樣性分析

 

1

PCA分析

樣本≥ 3

 

2

UniFrac-PCoA分析

樣本≥ 3

 

3

UniFrac-MDS分析

樣本≥ 5

 

4

UniFrac-UPGMA聚類分析

樣本≥ 3

 

5

基于UniFrac距離的多組比較和箱線圖展示

分組≥ 2

 
 

高級分析項目

 

菌群比較分析和關鍵物種篩選

 

1

RDA分析

樣本≥ 3:提供影響因素數值或分組≥ 2

 

2

PLS-DA分析

分組≥ 2

 

3

Adonis/PERMANOVA分析

樣本≥ 3:提供影響因素數值或分組≥ 2

 

4

ANOSIM分析

分組≥ 2

 

5

隨機森林分析

分組≥ 2

 

優勢物種互作關聯網絡分析

樣本(組)≥ 3

 

群落代謝功能預測

僅限16S rRNA基因數據

 

送樣要求 1

1. 樣品類型: DNA
2. 樣品需求量:≥500ng
3. 樣品濃度: ≥10ng/μL
4. 樣品純度:OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解
5. 樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時請使用冰袋或干冰運輸。


送樣要求 2

1. 樣品類型: PCR產物
2. 樣品需求量:≥100ng
3. 樣品濃度: ≥5ng/μL
4. 樣品純度:OD260/280=1.8-2.0并確保PCR產物無降解
5. 樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時請使用冰袋或干冰運輸。

公司電話:010-65945597/65919547    傳 真:010-65919547   E-mail:[email protected]
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